Encompass /home/fissell/Volumes/Encompass/projects/MGH_HCPS Compact Directories 20Jan2016

MGH_HCPS
├── local_processing
│   └── mgh_1003_r15a
│       ├── auto_reg
│       ├── niftis
│       ├── recon_compare
│       ├── rois
│       └── selected_recons
│           ├── able
│           ├── baker
│           ├── charlie
│           ├── dog
│           ├── easy
│           ├── fox
│           ├── george
│           ├── how
│           ├── item
│           ├── jig
│           ├── king
│           ├── love
│           ├── mike
│           ├── nan
│           └── oboe
├── mgh_1001
│   ├── analysis
│   │   ├── graphs
│   │   ├── output_csv
│   │   ├── output_nii
│   │   ├── output_png
│   │   ├── output_trk
│   │   └── output_trk_proj
│   │       └── orth_proj
│   ├── auto_reg
│   │   ├── landmarks
│   │   └── xforms
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│   │   ├── all
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│   │   ├── montage
│   │   ├── string_montage
│   │   └── tiled
│   ├── logging
│   ├── niftis
│   │   ├── dsis
│   │   └── pmt
│   ├── quality_ctrl
│   ├── recon_compare
│   │   ├── term_test
│   │   └── trk_density
│   ├── recon_files
│   │   └── recon_maps
│   │       ├── dsis
│   │       └── pmt
│   ├── rois
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│   │   │   └── pmt
│   │   ├── dsi_studio
│   │   │   └── pmt
│   │   ├── fs_recon
│   │   └── trk_density
│   ├── selected_recons
│   │   ├── able
│   │   │   ├── auto_reg
│   │   │   │   ├── landmarks
│   │   │   │   └── xforms
│   │   │   ├── data
│   │   │   │   └── MGH_HCPS
│   │   │   │       └── mgh_1001
│   │   │   │           └── selected_recons
│   │   │   │               └── able
│   │   │   │                   └── raw_analysis
│   │   │   │                       ├── output_csv
│   │   │   │                       ├── output_nii
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│   │   │   │                       └── output_trk_proj
│   │   │   │                           └── orth_proj
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── niftis
│   │   │   │   ├── dsis
│   │   │   │   └── pmt
│   │   │   ├── raw_analysis
│   │   │   │   ├── graphs
│   │   │   │   ├── output_csv
│   │   │   │   ├── output_nii
│   │   │   │   ├── output_png
│   │   │   │   ├── output_trk
│   │   │   │   └── output_trk_proj
│   │   │   │       └── orth_proj
│   │   │   ├── recon_files
│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   ├── rois
│   │   │   │   ├── deepa
│   │   │   │   │   └── pmt
│   │   │   │   ├── dsi_studio
│   │   │   │   │   └── pmt
│   │   │   │   ├── fs_recon
│   │   │   │   └── trk_density
│   │   │   └── tracts
│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       ├── tracts_raw
│   │   │       │   └── whole_tracts
│   │   │       └── tracts_raw_props
│   │   ├── baker
│   │   │   ├── auto_reg
│   │   │   │   ├── landmarks
│   │   │   │   └── xforms
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── niftis
│   │   │   │   ├── dsis
│   │   │   │   └── pmt
│   │   │   ├── raw_analysis
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│   │   │   │   ├── output_png
│   │   │   │   ├── output_trk
│   │   │   │   └── output_trk_proj
│   │   │   │       └── orth_proj
│   │   │   ├── recon_files
│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   ├── rois
│   │   │   │   ├── deepa
│   │   │   │   │   └── pmt
│   │   │   │   ├── dsi_studio
│   │   │   │   │   └── pmt
│   │   │   │   ├── fs_recon
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│   │   │   └── tracts
│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── charlie
│   │   │   ├── auto_reg
│   │   │   │   ├── landmarks
│   │   │   │   └── xforms
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── niftis
│   │   │   │   ├── dsis
│   │   │   │   └── pmt
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│   │   │   │   └── output_trk_proj
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│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   ├── rois
│   │   │   │   ├── deepa
│   │   │   │   │   └── pmt
│   │   │   │   ├── dsi_studio
│   │   │   │   │   └── pmt
│   │   │   │   ├── fs_recon
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│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── dog
│   │   │   ├── auto_reg
│   │   │   │   ├── landmarks
│   │   │   │   └── xforms
│   │   │   ├── logging
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│   │   │   │   ├── dsis
│   │   │   │   └── pmt
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│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
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│   │   │   ├── auto_reg
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│   │   │   │   └── xforms
│   │   │   ├── logging
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│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── fox
│   │   │   ├── auto_reg
│   │   │   │   ├── landmarks
│   │   │   │   └── xforms
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── niftis
│   │   │   │   ├── dsis
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│   │   │   ├── rois
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│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
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│   │   │   │   └── xforms
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│   │   │   │   │   └── pmt
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│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── how
│   │   │   ├── auto_reg
│   │   │   │   ├── landmarks
│   │   │   │   └── xforms
│   │   │   ├── logging
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│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── item
│   │   │   ├── auto_reg
│   │   │   │   ├── landmarks
│   │   │   │   └── xforms
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│   │   │   │   ├── output_nii
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│   │   │       └── tracts_raw
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│   │   │   │   │   └── pmt
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│   │   │   │   │   └── pmt
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│   │   │       └── tracts_raw
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│   │   │   │   └── xforms
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│   │   │       └── tracts_raw
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│   │   │   ├── auto_reg
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│   │   │   │   └── xforms
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│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
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│       │   └── whole_tracts
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├── mgh_1002
│   ├── analysis
│   │   └── output_csv
│   ├── auto_reg
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│   │       └── lauren
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│   │   ├── all
│   │   └── tiled
│   ├── logging
│   ├── niftis
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│   ├── quality_ctrl
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│   │   │       └── tracts_raw
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