schrak /data/MGH_HCPS Compact Directories 20Jan2016

MGH_HCPS
├── docs
├── mgh_1003.old
│   ├── analysis
│   │   └── output_csv
│   ├── auto_reg
│   │   ├── landmarks
│   │   └── xforms
│   ├── images
│   │   ├── all
│   │   ├── digit_montage
│   │   └── string_montage
│   ├── lauren
│   ├── logging
│   ├── niftis
│   │   ├── dsis
│   │   └── pmt
│   ├── quality_ctrl
│   ├── recon_compare
│   │   └── trk_density
│   ├── recon_files
│   ├── rois
│   │   ├── dsi_studio
│   │   │   └── pmt
│   │   ├── fs_recon
│   │   └── trk_density
│   ├── selected_recons
│   │   ├── able
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── raw_analysis
│   │   │   │   ├── graphs
│   │   │   │   ├── output_csv
│   │   │   │   ├── output_nii
│   │   │   │   ├── output_png
│   │   │   │   ├── output_trk
│   │   │   │   └── output_trk_proj
│   │   │   │       └── orth_proj
│   │   │   ├── recon_files
│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   └── tracts
│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── baker
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── raw_analysis
│   │   │   │   ├── graphs
│   │   │   │   ├── output_csv
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│   │   │   │   ├── output_trk
│   │   │   │   └── output_trk_proj
│   │   │   │       └── orth_proj
│   │   │   ├── recon_files
│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   └── tracts
│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── charlie
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── raw_analysis
│   │   │   │   ├── graphs
│   │   │   │   ├── output_csv
│   │   │   │   ├── output_nii
│   │   │   │   ├── output_png
│   │   │   │   ├── output_trk
│   │   │   │   └── output_trk_proj
│   │   │   │       └── orth_proj
│   │   │   ├── recon_files
│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   └── tracts
│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── dog
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── raw_analysis
│   │   │   │   ├── graphs
│   │   │   │   ├── output_csv
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│   │   │   │   └── output_trk_proj
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│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   └── tracts
│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── easy
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── raw_analysis
│   │   │   │   ├── graphs
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│   │   │   │   ├── output_trk
│   │   │   │   └── output_trk_proj
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│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   └── tracts
│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── fox
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── raw_analysis
│   │   │   │   ├── graphs
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│   │   │   │   └── recon_maps
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│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── george
│   │   │   ├── logging
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│   │   │   │   └── recon_maps
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│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── how
│   │   │   ├── logging
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│   │   │   │   ├── graphs
│   │   │   │   ├── output_csv
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│   │   │   │   └── output_trk_proj
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│   │   │   ├── recon_files
│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   └── tracts
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│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── item
│   │   │   ├── logging
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│   │   │   │   ├── graphs
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│   │   │   │   └── recon_maps
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│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── jig
│   │   │   ├── logging
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│   │   │   │   ├── graphs
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│   │   │   │   └── recon_maps
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│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
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│   │   │   │   └── recon_maps
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│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
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│   │   │   │   └── recon_maps
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│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── mike
│   │   │   ├── logging
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│   │   │   │   └── recon_maps
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│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
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│   │   ├── nan
│   │   │   ├── logging
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│   │   │   │   └── recon_maps
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│   │   └── oboe
│   │       ├── logging
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│   │       │   ├── graphs
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│   │       ├── recon_files
│   │       │   └── recon_maps
│   │       └── tracts
│   │           ├── auto_tracts_raw
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│   │               └── whole_tracts
│   └── tracts
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├── mgh_1003_r15
│   ├── auto_reg
│   │   ├── landmarks
│   │   └── xforms
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│   ├── rois
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│   │   │   └── pmt
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│       │   ├── logging
│       │   ├── niftis
│       │   ├── recon_files
│       │   │   └── recon_maps
│       │   └── rois
│       ├── baker
│       │   ├── auto_reg
│       │   ├── logging
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│       │   │   └── recon_maps
│       │   └── rois
│       ├── charlie
│       │   ├── auto_reg
│       │   ├── logging
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│       │   ├── auto_reg
│       │   ├── logging
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│       │   ├── recon_files
│       │   │   └── recon_maps
│       │   └── rois
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│       │   ├── auto_reg
│       │   ├── logging
│       │   ├── niftis
│       │   ├── recon_files
│       │   │   └── recon_maps
│       │   └── rois
│       ├── fox
│       │   ├── auto_reg
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│       │   ├── recon_files
│       │   │   └── recon_maps
│       │   └── rois
│       ├── george
│       │   ├── auto_reg
│       │   ├── logging
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│       │   ├── recon_files
│       │   │   └── recon_maps
│       │   └── rois
│       ├── how
│       │   ├── auto_reg
│       │   ├── logging
│       │   ├── niftis
│       │   ├── recon_files
│       │   │   └── recon_maps
│       │   └── rois
│       ├── item
│       │   ├── auto_reg
│       │   ├── logging
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│       │   ├── recon_files
│       │   │   └── recon_maps
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│       ├── jig
│       │   ├── auto_reg
│       │   ├── logging
│       │   ├── niftis
│       │   ├── recon_files
│       │   │   └── recon_maps
│       │   └── rois
│       ├── king
│       │   ├── auto_reg
│       │   ├── logging
│       │   ├── niftis
│       │   ├── recon_files
│       │   │   └── recon_maps
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│       │   ├── auto_reg
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│       │   ├── recon_files
│       │   │   └── recon_maps
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│       ├── mike
│       │   ├── auto_reg
│       │   ├── logging
│       │   ├── niftis
│       │   ├── recon_files
│       │   │   └── recon_maps
│       │   └── rois
│       ├── nan
│       │   ├── auto_reg
│       │   ├── logging
│       │   ├── niftis
│       │   ├── recon_files
│       │   │   └── recon_maps
│       │   └── rois
│       └── oboe
│           ├── auto_reg
│           ├── logging
│           ├── niftis
│           ├── recon_files
│           │   └── recon_maps
│           └── rois
├── mgh_1004
│   ├── analysis
│   │   ├── graphs
│   │   ├── output_csv
│   │   ├── output_nii
│   │   ├── output_png
│   │   └── output_trk
│   ├── images
│   │   ├── high_res
│   │   └── low_res
│   ├── ipad
│   │   ├── vti_niftis
│   │   └── vtp_tracts
│   ├── logging
│   ├── quality_ctrl
│   ├── raw_analysis
│   ├── recon_files
│   │   └── recon_inputs
│   ├── reg
│   │   ├── inputs
│   │   ├── landmarks
│   │   ├── resamp
│   │   └── xforms
│   ├── reports
│   ├── rois
│   │   ├── fs_recon
│   │   ├── manual
│   │   └── t1_manual
│   ├── structurals
│   │   └── pmt
│   └── tracts
│       ├── tracts_raw
│       ├── tracts_t1
│       ├── tracts_t1_clust
│       ├── tracts_trimmed
│       ├── tracts_trimmed_clust
│       └── tracts_wb
├── mgh_1004b
│   ├── analysis
│   │   ├── graphs
│   │   ├── output_csv
│   │   ├── output_nii
│   │   ├── output_png
│   │   └── output_trk
│   ├── images
│   │   ├── high_res
│   │   └── low_res
│   ├── ipad
│   │   ├── vti_niftis
│   │   └── vtp_tracts
│   ├── logging
│   ├── quality_ctrl
│   ├── raw_analysis
│   ├── recon_files
│   │   └── recon_inputs
│   ├── reg
│   │   ├── inputs
│   │   ├── landmarks
│   │   ├── resamp
│   │   └── xforms
│   ├── reports
│   ├── rois
│   │   ├── fs_recon
│   │   ├── manual
│   │   └── t1_manual
│   ├── structurals
│   │   └── pmt
│   └── tracts
│       ├── tracts_raw
│       ├── tracts_t1
│       ├── tracts_t1_clust
│       ├── tracts_trimmed
│       ├── tracts_trimmed_clust
│       └── tracts_wb
├── mgh_1004.old2
│   ├── analysis
│   │   └── output_csv
│   ├── auto_reg
│   │   ├── landmarks
│   │   └── xforms
│   ├── images
│   │   ├── all
│   │   ├── all.save
│   │   ├── digit_montage
│   │   └── string_montage
│   ├── logging
│   ├── niftis
│   │   ├── dsis
│   │   └── pmt
│   ├── quality_ctrl
│   ├── recon_compare
│   │   └── trk_density
│   ├── recon_files
│   ├── rois
│   │   ├── dsi_studio
│   │   │   └── pmt
│   │   ├── fs_recon
│   │   └── trk_density
│   ├── selected_recons
│   │   ├── able
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│   │   │   │   └── output_trk_proj
│   │   │   │       └── orth_proj
│   │   │   ├── recon_files
│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   ├── rois
│   │   │   └── tracts
│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── baker
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│   │   │   │   ├── graphs
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│   │   │   │   ├── output_nii
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│   │   │   │   ├── output_trk
│   │   │   │   └── output_trk_proj
│   │   │   │       └── orth_proj
│   │   │   ├── recon_files
│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   ├── rois
│   │   │   └── tracts
│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── charlie
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── raw_analysis
│   │   │   │   ├── graphs
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│   │   │   │   ├── output_trk
│   │   │   │   └── output_trk_proj
│   │   │   │       └── orth_proj
│   │   │   ├── recon_files
│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   ├── rois
│   │   │   └── tracts
│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── dog
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── raw_analysis
│   │   │   │   ├── graphs
│   │   │   │   ├── output_csv
│   │   │   │   ├── output_nii
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│   │   │   │   └── output_trk_proj
│   │   │   │       └── orth_proj
│   │   │   ├── recon_files
│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   ├── rois
│   │   │   └── tracts
│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── easy
│   │   │   ├── logging
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│   │   │   │   ├── graphs
│   │   │   │   ├── output_csv
│   │   │   │   ├── output_nii
│   │   │   │   ├── output_png
│   │   │   │   ├── output_trk
│   │   │   │   └── output_trk_proj
│   │   │   │       └── orth_proj
│   │   │   ├── recon_files
│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   ├── rois
│   │   │   └── tracts
│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── fox
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── raw_analysis
│   │   │   │   ├── graphs
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│   │   │   │   ├── output_nii
│   │   │   │   ├── output_png
│   │   │   │   ├── output_trk
│   │   │   │   └── output_trk_proj
│   │   │   │       └── orth_proj
│   │   │   ├── recon_files
│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   ├── rois
│   │   │   └── tracts
│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── george
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── raw_analysis
│   │   │   │   ├── graphs
│   │   │   │   ├── output_csv
│   │   │   │   ├── output_nii
│   │   │   │   ├── output_png
│   │   │   │   ├── output_trk
│   │   │   │   └── output_trk_proj
│   │   │   │       └── orth_proj
│   │   │   ├── recon_files
│   │   │   │   └── recon_maps
│   │   │   ├── rois
│   │   │   └── tracts
│   │   │       ├── auto_tracts_raw
│   │   │       └── tracts_raw
│   │   │           └── whole_tracts
│   │   ├── how
│   │   │   ├── logging
│   │   │   ├── raw_analysis
│   │   │   │   ├── graphs
│   │   │   │   ├── output_csv
│   │   │   │   ├── output_nii
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